Ngày 20 tháng 2 năm 705, Trương Giản Chi và các tể tướng Hoàn Ngạn Phạm, Viên Thứ Kỉ, Kính Huy... dẫn đầu cuộc chính biến cung đình nhằm ép thái hậu thoái vị và đưa Trung Tông Lý Hiển trở lại ngôi vua. Trước đó vào đầu năm 705, Diêu Nguyên Chi cũng từ Linh Vũ về Lạc Dương và cũng tham gia vào cuộc chính biến này. Kết quả Trương Dịch Chi và Trương Xương Tông bị giết, Võ thái hậu bị ép phải thoái vị và Đường Trung Tông được lập lên ngôi[7]. Do có công lao, Diêu Nguyên Chi được phong làm Lương huyện hầu, thực phong 200 hộ.

Sau đó Võ thái hậu được tôn làm Tắc Thiên Đại Thánh hoàng đế, dời đến cung Thượng Dương. Khi Trung Tông suất bách quan đến chúc thọ thái hậu, Diêu Nguyên Chi lại khóc lóc thảm thương. Trương Giản Chi thấy vậy hỏi lý do tại sao, ông đáp

Tôi vốn phụng sự Tắc Thiên hoàng hậu. Trước đây tôi cùng theo các ông trừng phạt nghịch tặc (Dịch Chi và Xương Tông) là vì nghĩa. Nay hậu bị dời đi, tôi vì chủ cũ mà than khóc cũng là nghĩa vụ của thần tử. Nếu có bị kết tội thì cũng cam tâm.

Vì thế Diêu Nguyên Chi bị bọn Trương Giản Chi giáng làm Thứ sử Bạc châu[8]. Cũng vì mối bất hòa này nên về sau khi Võ Tam Tư (cháu Võ hậu) liên kết với Vi hoàng hậu sát hại năm tể tướng (tức bọn Trương Giản Chi) thì Diêu Nguyên Chi được vô sự. Trong những năm tiếp theo, ông đã bốn lần thay chỗ ở, lần lượt được đảm nhiệm chức thứ sử ở bốn châu: Tống, Thường[9], Việt[10] và Hứa[11].